Boston fue fundada el 17 de noviembre de 1630 por colonizadores puritanos provenientes de Inglaterra llamados los peregrinos patriarcas en la península de Shawmut, así llamada por los Amerindios que la habitaban. Esta península se reconectaba con el continente por un estrecho istmo y bordeado por aguas de la bahía de Massachusetts y Back Bay, estuario del río Charles.

Los primeros pobladores europeos bautizaron esta área con el nombre de Trimountaine (tres montañas), pero luego fue rebautizada en homenaje al pueblo inglés de Boston (Lincolnshire) del cual muchos peregrinos colonizadores eran originarios. La mayoría de sus primeros habitantes fueron puritanos. El primer gobernador de la Colonia de la bahía de Massachusetts, llamado John Winthrop, exclamó un famoso sermón titulado La ciudad sobre la colina (City upon a Hill) que daba la sensación de que Boston tenía un convenio especial con Dios. Winthrop también promovió y firmó el Acuerdo de Cambridge que fue determinante en la creación de la ciudad.

La ética puritana moldeó una sociedad estable y bien estructurada en Boston. Por ejemplo, poco después del poblamiento de Boston, los puritanos fundaron la primera escuela pública de Estados Unidos Boston Latin School en 1636 y la primera colegiatura en Newtowne (después será Cambridge) llamada Harvard. El trabajo, moralidad correcta y énfasis en educación continúan haciendo parte de la cultura bostoniana. Boston fue hasta la década de los 1760s como la ciudad más grande, rica e influyente de Estados Unidos.

Durante los primeros años de la década de los 1770s, la intención de Gran Bretaña de ejercer control sobre las Trece Colonias por medio de impuestos y la cual dio inicio a la Guerra de la Independencia de los Estados Unidos. Batallas como la masacre de Boston, Motín del té en Boston y muchas otras tomaron parte en cerca la ciudad o muy cerca, como la batalla de Lexington y Concord, la batalla de Bunker Hill y el Sitio de Boston. Fue durante este período que Paul Revere hacía sus famosas “recorridas nocturnas”.

Pasada la revolución, Boston rápidamente se convirtió en uno de los puertos para el comercio internacional más ricos del mundo, debido a que era el puerto estadounidense más grande y cercano a Europa. En las exportaciones predominaba el ron, pescado, sal y tabaco. Durante este tiempo las familias tradicionales de Boston empezaron a ser catalogadas como élite social y cultural de Estados Unidos y llegarían a ser llamado los Brahmanes de Boston. En 1822 Boston fue elevada a ciudad. Para mediados de los años 1800s la manufactura industrial de la ciudad sobrepasa el comercio internacional en importancia económica. Hasta los primeros años de 1900s, que Boston permaneció como uno de los más importantes centros manufactureros de la nación americana, notablemente por su producción de telas, productos en cuero y maquinaria industrial. La red de pequeños ríos alrededor de la ciudad y que la conecta con el resto de la región facilitó el transporte de mercancía y permitió la proliferación de Fábricas. Luego se creó una vasta infraestructura para Ferrocarriles que impulsó aún más la industria y el comercio. De mediados a finales del siglo XIX, Boston floreció culturalmente y llegó a ser conocida por su rara cultura literaria y su arte excéntrico. También fue pionera en el movimiento abolicionista de la esclavitud.

En 1870 se fundó el Museo de Bellas Artes (Boston), el segundo más rico del país.